下卷采用问答体，讨论了知觉，还包括利玛窦的记忆法数则，有关目、耳、鼻、舌、四肢感觉及言语的产生等等细节。【ps：本章末位。】
他有些犹豫的看着面前的两位太医，叹息的说道：“吴又可呀，你是我的本家，你说说你，拿着这抄本献上来，让我如何是好？朝里的明公们，知道我们打算解剖尸首，还不把你我的脑袋给摘了去？”
“还有你，张大本，别以为你有了用药不拘一格，治好了几例顽疾，坐了这太医职位，就可以任性妄为，这是什么地方？太医院！给天子以及天眷看病，那是儿戏吗？你这什么循证法，万岁爷怎么会准呢？”
吴又可笑意盎然的说道：“诶，吴院判可不敢这么说，你说这解剖是大逆不道，那你攥的那么紧干什么？若是你不看，就还我，手抄本就这两本，要是弄丢了，我找谁说理去？你不愿呈上去，就还我，我自己个琢磨。”
张大本手里攥着一本奏疏，他看着吴万参说道：“若遇有皇帝生疾，医官要敬供其职，前往把脉诊视。这是我们太医院的职责所在，户部不查账，那还是户部？兵部不练兵，那还是兵部？太医不看病，那还是太医吗？”
“可是咱们也是怕了呀，我这循证法，这一证，就是太医开具药方后，须与太监一起到药房取出药物，再联名签字包封。”
“然后太医院太医，再另具奏疏，开载本方药剂性能和治疗之法，在文末日期之下，太医与太监再次联合署名后，再将药方、药剂和奏本一同进呈。此为第二证。”
“太监收到后，还要立刻登记簿册，日期之下仍要由太医，第三次签名，并交太监收掌放入内官监，以凭查考。每逢煎调药剂，必要在太医和太监的共同监视之下，二服合为一服同煎，煎好后一分为二，先将其中一服按御医、院判、太监的次序分别品尝之后，再将另一服进呈，此为第三证！”
“如此三证循证之后，如若发现所煎调药剂与药方不符、或封题有所错误的、或有暗害万岁者，皆要大不敬论。这样一来，也能循证出到底哪里出了问题，吴院判你万事求稳，先帝落水，你直接病假回家了，新帝登基，你又回来了，可是万一天子或者天眷生了病，看你咋办！”
吴万参真的是满脸写满了不高兴，拍着桌子愤怒的说道：“你这人，怎么说理就压根就不懂，这龙驭上宾，总要有人负责，明公们负责？还是阉党们负责？”
“你这直接三证循证法是好，某不清楚？某又不傻，你以为就你一个人