被父母急匆匆的送到姨妈家里，然后父母车祸而亡，实际上他父母是奥斯本的研究员，察觉到奥斯本集团的董事长，在和意图控制世界的大反派组织手合会达成交易，要一起制造超能士兵统治世界，而取走了关于超凡药剂蜘蛛血清的一切研究资料，随着哈里帕克父母的死亡，一切暂时归于尘埃。
偶然性的，哈里帕克被奥斯本集团招募，担任实验室里的实习生，非常巧合的——实际上被刻意安排、意图以他来寻找出他父母留下来的东西，他进入了父母所研究的蜘蛛血清实验室的重启实验当中，一不小心，他被蜘蛛咬了一口，从此获得了超能力，化身成为了蜘蛛侠。这是因为他父母研究蜘蛛血清的时候，是以自己家族基因为蓝本，只有帕克家族的直系血裔，被蜘蛛咬了，才能获得超能力。
大反派诺曼奥斯本察觉出了哈里帕克，依靠父母的遗泽，获得了本该属于他的蜘蛛血清能力，顿时化身了绿魔，想要抓住哈里帕克，用来切片研究，复刻出本该属于他的蜘蛛血清，没想到他穿上了新研发出来的绿魔装甲，居然没有打赢哈里帕克。
最后，大反派诺曼奥斯本抓住了哈里帕克的姨夫，逼着他来最后的决战，最终哈里帕克靠着主角光环，杀死了绿魔诺曼奥斯本，抱着死去的姨夫，姨夫告诉他一句话“能力越大、责任越大”，从此，蜘蛛侠成为守护纽约的超级英雄，纽约市民的好邻居。
彩蛋1：意图控制世界的大反派组织手合会，来源可以追溯到二战时期的德国，是曾经与美国队长作战的反派组织九头蛇的一个分支，口号“砍掉一个头，长出两个头”，嗯，手指头也是头嘛，虽然他们的一个合作者诺曼奥斯本死去了，可是他们还有更多的合作者，比如科赫章鱼一个小小的蜘蛛侠，必将被手合会一根手指头给碾死。
除了主线剧情之外，糖糖饰演的女主角，人设跟玛丽简也有变化，更加倾向于格温，是一个完美女神，超能学霸，在帕克受到欺负后，还保护过帕克，只是糖糖越保护帕克，让校霸越发欺负帕克，因为校霸也喜欢糖糖，糖糖人见人爱，而在最后的大决战当中，也是糖糖协助蜘蛛侠救下了他的姨夫和姨妈，只是和蜘蛛侠亲如父子的姨夫受伤太重，留下一句遗言就噶了。
同时，蜘蛛侠电影还请了蜘蛛女侠的头号黑粉号角日报的老板詹姆斯友情客串，让他电影当中饰演自己，继续当蜘蛛侠的头号黑粉，因为听说可以在电影里面喷蜘蛛侠，詹姆斯连客串费都没有收，欣然应约。
另外，在隐藏后续剧情设定当