《少女的祈祷》是杨千嬅最经典的代表作之一，也是她压箱底的保留曲目，对她的歌迷来说，任何时候翻出来，这首歌都是百听不厌。
另一个时空的2000年，该曲横扫了香港乐坛四台颁奖典礼多个金曲奖项，并首次摘下当年度十大劲歌金曲颁奖典礼“金曲金奖”的桂冠，成功让杨千嬅晋身一线歌手的行列。
如杨千伊期待的那样，这首歌曲没有再一味的铺陈文词、强抒感慨，而是蕴涵了一个片段性的故事，通过描述一个坐巴士的少女的祈祷和幻想，来表达对美好爱情的向往，希望有情人终成眷属，希望自己的爱情不要陷入悲剧。
整首歌所用的意象都是普通人生活中很常见的场景，譬如坐公车、拥挤的车厢、变幻的红绿灯、阻碍视线的乘客……
故事也不复杂，简单来说就是一位青春期的懵懂少女，坐在巴士上，偶然邂逅了一位帅气迷人的小哥哥，在不断偷瞄的过程中，心思越发活跃，开始了此处省略一万字的甜蜜脑补，热烈地期望小哥哥能够主动过来搭讪自己，当场告白、原地接吻，如果能与他确定恋爱，哪怕车毁人亡也不分开。
可是公车终会到站，小哥哥总要下车，着急之下的少女，开始笨拙的祷告，希望上帝能够帮助自己，成全小哥哥和自己的这段浪漫恋情，也就是歌词中的“祈求天地放过一双恋人，怕发生的永远别发生”以及“祈求天父做十分钟好人。赐我他的吻，如怜悯罪人”……
不过上帝并没有眷顾她这位临时信徒，小哥哥自始至终根本没有注意到她，于是她又退而求其次，对绿灯哭诉哀求，希望绿灯可以自爆，让公车停留得久一点，让他们相处得久一点……
然而，现实就是这么残酷，老天爷和绿灯都没有听到她的心声，小哥哥终究是下车了。
“然而天父并未体恤好人，到我睁开眼，无明灯指引……”
心情失落的少女，甚至对老天爷也有了一丝埋怨，责怪他不懂体恤好人，没有为她指明道路。
故事到这里，戛然而止。
其实可以明显地看出来，这个故事就是少女本人的一场自导自演，内心戏丰富的少女，经过一系列的心理活动，将这段旅程短暂的单相思脑补得轰轰烈烈、荡气回肠。
要表达的意思也很清楚，青春的悸动和遗憾、触不到的恋人、得不到的美好以及鼓不起的勇气……
至于故事中的其它隐喻，则是各听各耳，各想各心事。