受到的各种限制，里奥与孙文起相对而叹。
与绝大多数宗教一样，天主教也不允许教徒供奉除天主以外的其他偶像，华夏人要供奉的祖先也在其禁止的范围之内，这就与大文朝“以忠孝治天下”的治国理念产生了严重的冲突，以至于被绝大多数地方官员所排斥，甚至直接禁止其传教。再加上原本已经在华夏传播多年，并成为主流宗教的佛教和道教的压制，传教越发艰难起来。
二十多年前，富于开创性的华夏区主教利玛把华夏祭奠祖先的行为定义为民俗，而非宗教，并且不再强制教众放弃祭奠祖先和天地等行为，为天主教在华夏的传播扫清了最大的障碍，很快在江南富饶地区取得了成果，不仅发展了一大批教徒，而且在南京建起了教堂，还发展了一批官员入教。徐光启和孙元化就是在那时入教的。
徐光启还借助教会的力量，学习了拉丁语和意大利语，并翻译出了几何原本等多部自然科学著作。同时还将一些西方先进技术及作物引入华夏，被后世称为“华夏睁眼看世界的第一人”。
后来利玛死后，接替华夏教区主教的汪奉稣极为激进，一改利玛的做法，全面禁止拜祭祖先和孔子等，并且与佛教产生了严重的冲突。这一系列与华夏传统文化相背的做法，引起了大文朝士人的普遍反感，连教堂都被百姓堵门，很多不太坚定的教徒迫于社会压力，退出了教会。就连被他们当作传教旗帜的阁老徐光启，也因为教徒的身份被迫卸任。前途可以说是一片灰暗。