时间一天天的过去，ZAFT的降下作战成功，在卡潘塔利亚建立起了属于自己的基地，更将无数的中子干扰器打进了地球之中，让高度依赖核能的地球在第一时间就陷入到了能源匮乏的状况之中。
能源的匮乏带来的影响席卷全球，联合方面更是因此而损失惨重，在ZAFT的进攻中开始进入劣势。
反倒是那些亲PNT国家，或许是因为雷蒙的意见起到了作用，ZAFT方面在使用中子干扰器的同期也将大批的物资降下地球，一定程度迟缓了那些亲PNT国家因为能源匮乏而带来的一系列问题。
同样也因为ZAFT在对联合的作战中大成功的关系，从联合手中掠夺到的大笔物资也成为了能够拿出来的巨大收获，像是一杆旗帜一样立在了那些亲PNT国家的前面，第一个跳出来开始出兵协助ZAFT的，便是地球上另一个整体大洋洲联邦。
世界从此开始有了区分两极的预兆，那些得到帮助的亲PNT国家得到了实惠，反对的声音也逐渐变小，而那些坚定站在联合一方的人或是势力，则是掀起了更大的反调整者反PNT浪潮。
随后为了反击，联合方面再次集结了两个舰队做好了充足的准备开始从月球基地出发，以PNT的资源卫星为跳板又一次朝PNT发起了进攻。
双方在资源卫星发生激战，可因为军事装备的落后，联合方面的两个舰队最终只能仓惶撤退，而因为这次的作战，PNT方面决定将资源卫星彻底改造成宇宙要塞，以此来加强对PNT的防卫能力。
之后，ZAFT也开始在地球进行了大规模的军事行动，地中海作战和联合军的海上舰队发生交战。
苏伊士运河作战，ZAFT方的吉恩面对联合方面庞大的地面战车力量也陷入了苦战之中，在地面作战中吉恩的缺点得以完全暴露，行动笨拙，速度不够，攻击距离太短，突进能力太差，直至新型机体地面用四足MS巴库的登场才逐渐的改变劣势。
在这地面的作战之中，没有了沙漠之虎的安德鲁却也涌现出了集体的力量，付出了更多的东西最终还是成功的完成了作战。
之后便是月面争夺战，联合方面在最后关头使用了独眼巨人系统，原本是运用于矿业方面的系统，但在经过改造调整之后成了一种堪比核弹，甚至比起核弹还要恐怖的自爆型武器，ZAFT方面受到了巨大的损失，即便是联合也出现了数量恐怖的牺牲。
因为这次的事件，双方的仇恨也再次升