川家光感恩戴恩，而是纷纷加入长崎倒幕派，整顿各藩兵马，向江户进军。
那些幕府与倒幕派没有控制的中间地带，压抑已久的倭国底层，尤其是农民，还有部分僧尼工匠，皆在倒幕军盟主——长崎奉行——马场利重的号召下，掀起轰轰烈烈的倒幕战争。在当地大名的默许下，德川家光派往各县的县长，长吏连同他们的家臣被倒幕军处死。
到七月初，已经有三分之一的藩拒绝向江户提供各种物资，这对对近乎完全依赖各藩补给的江户城来说，不啻一场噩梦。
伴随萨摩，大阪，熊本，仙台等藩陆续加入叛乱，遥相呼应长崎奉行，幕府将军德川家光控制下的江户城陷入彻底绝望。
到六月底，江户各町的米价已经暴涨到原先的十倍，平民自不必说，就是武士也抢购不到，城中接连发生食人事件。
曾经以商业繁盛自傲的江户城，正在变为一座鬼城。