始终只是一个下级将领，声名也不显著。
在这一时期，郑成功已经在厦门、金门建立了抗清的基地，而且声势日大。刘国轩十分钦佩郑成功的义举，早就产生了投奔郑成功的意思。
永历八年、顺治十一年，郑成功围攻漳州，刘国轩积极策反清军守将献城投降。
十二月初一日，刘国轩在晚上引导郑军兵不血刃的攻入了漳州城，迫使清廷漳州守将张世耀等降郑。
事情完成后，初四日刘国轩被授予都督佥事，掌管护卫后镇的事务。
然而郑成功谋略自任，驭兵用将以勇武为先，刘国轩依然未受重用。
郑军号令严明，刘国轩曾经有几次战败的情况，陈永华深知他非常有谋略，所以免其死罪。
永历十年、顺治十三年，郑成功北伐南京时，刘国轩仅仅是一个右虎卫随征营副领兵。
后来郑军将领出现缺员，刘国轩被推为候选之一，但是最终因为资历不深而未能获任。
永历十五年、顺治十八年，郑成功率军收复台湾，刘国轩身先士卒，与都督马信等亲率弓箭手击退荷兰军队的反扑，为收复台湾立下汗马功劳。
永历十六年、康熙元年，郑成功去世，郑氏台湾出现继承人的内乱，郑成功之弟郑袭策划自立。
刘国轩曾经和他一起谋事，被授为管镇兵。
后来郑经靖难后郑袭失败，刘国轩因为不是郑袭的心腹，郑经没有深究其责。
郑经嗣位后，命刘国轩驻守鸡笼山。
这一时期，刘国轩指挥军队多次进剿台湾高山族部落，灭沙辘等部落，并且击败斗尾、龙岸等番社。
自从郑经入台后，逐渐显露才能的他，步步高升，刘国轩能够逐渐地掌握了台湾的军事大权。
朱慈炯恢复大明复汉二年，康熙八年，郑经反攻大陆，刘国轩作为郑经的管镇兵，担任了左、右武卫，与陈近南（陈永华）、冯锡范鼎足而三，成为郑氏政权的顶梁柱。
这一次，陈近南力主让他率军远征，正是看中了他能够独当一面的军事才能。
“将军，荷兰人对顺塔国的渗透，日益严重啊！”
从下港购买的马车上，副将陈伟雄皱紧了眉头。
“是啊，我看下港，与其说还在顺塔国手上，倒不如说已经被荷兰人夺走了！”
刘国轩眉头深锁。
王爷对他的任命，他很是欣喜的。