昭宗闻报大怒，下令抓捕并诛杀为首的乱民，并遣将调兵，命覃王李嗣周为京西招讨使，讨伐李茂贞，神策大将军李鐬为副，调宰相徐彦若为凤翔节度使。着令李嗣周带着禁军三万，送徐彦若赴镇就任，出驻兴平。李茂贞联同王行瑜之军，合兵六万，一同来到柷厔，抵挡禁军。
禁军大多是新近招募的少年，没有什么战斗力，哪里敌得过两镇雄师？听说两镇大军来到，未战先怯。等到李茂贞进逼兴平，禁军多已惊骇而散。李嗣周也只得跑了回来。李茂贞乘胜进攻三桥，京师大震，朝廷惶惶不已。崔昭纬又暗中派遣人告诉李茂贞，说道：“用兵并非主上之意，全出于杜太尉一人。”
李茂贞因而陈兵临皋驿，上表列举杜让能的罪状，请求加以诛杀。杜让能向昭宗说道：“臣曾经料到此变，事已至此，请把微臣作为借口，以便退兵。”昭宗泣道：“今日与卿诀别。”于是下诏贬杜让能为梧州刺史，并流放观军容使西门君遂到儋州，内枢密使李周潼到崖州，段诩到驩州。
李茂贞等仍然不肯退兵，昭宗亲临安福门，命斩西门君遂、李周潼、段诩三人，再贬杜让能为雷州司户，又遣使对李茂贞说道：“蛊惑朕举兵，实在是出于西门君遂等三人，不是杜让能之罪。”李茂贞却一定要诛杀杜让能，方肯退兵。崔昭纬从中怂恿，昭宗无奈，只得将杜让能赐死，甚至连杜让能之弟户部侍郎杜弘徽，也迫他自尽。
昭宗再召东都留守韦昭度为司徒，御史中丞崔胤为户部侍郎，并同平章事，授李茂贞为凤翔节度使，兼山南西道节度使，并官封中书令。王行瑜进爵太师，加号尚父，特赐给铁券，两镇兵马这才卷甲退回。从此以后，朝廷一切都受邠、岐二镇控制，不得擅自做主。
景福三年，昭宗改元乾宁。李茂贞进朝，大陈兵卫，阅兵数日数日才回。自昭宗以下，无人敢违逆其意。右散骑常侍郑綮，素来诙谐，做了不少歇后诗，讥嘲时事。昭宗以为道他深沉有能力，即命他为相。众人得知，争相前去拜访郑綮，郑綮却颇有自知之明，微笑着说道：“诸君弄错了。就算天下无人，也未必轮得到郑綮。”
堂吏答道：“事出自圣意，的确不误。”郑綮又说道：“果真有此事，岂不令人笑话？”不一会，贺客齐集，郑綮搔首说道：“歇后郑五作宰相，时事可知。”当即上书推辞，昭宗不许，他只得勉强受职。不久便又上表避位，解职而归。昭宗又命翰林学士李谿为相，知制诰刘崇鲁，出班大哭。
昭宗惊问原因，刘崇鲁极力说