昭宗得知京城大乱，急忙登上奉天楼，传旨禁止，且命捧日都头李筠，率部侍卫楼前。
李继鹏竟然召来凤翔兵攻打李筠，左右扶着昭宗下楼。李继鹏又纵火焚宫门，烟焰蔽天，皇宫鼎沸。盐州六都兵屯驻京师，被左右两军所惮，昭宗急令进京保护自己，两军这才退走。
昭宗来到李筠营中避乱，护跸都头李居实率众赶来，昭宗这才稍稍放心。不久，又有谣言传入，说是王行瑜、李茂贞，将入都来迎车驾。昭宗又恐怕被他们胁迫，于是命李筠、李居实两都兵自卫，出启夏门，道过南山，寄住莎城镇。士民追从车驾，约有数十万人。到了谷口，三成中渴死一成，夜间又遭盗劫，哭声遍野；百官来不及跟从，只有户部尚书薛王知柔先至，昭宗命权知中书事及置顿使。
不久崔昭纬等来到莎城，昭宗才移住石门镇。李克用听说昭宗出逃，派遣判官王瓌趋来见昭宗，一面督兵攻打华州。韩建登城，对李克用说道：“我从没对你失礼，为何要攻打我？”李克用应声道：“你身为人臣，逼走天子。你算有礼，何人算无礼？”说罢，麾兵进攻。韩建极力拒守，彼此相持不下。
内侍郗延昱带诏书来到李克用军中，说邠、岐二镇有劫驾的打算，请他立刻支援。李克用这才解了华州之围，移驻渭桥。昭宗又遣供奉官张承业，到李克用军营。李克用留他担任监军，遣部将李存贞为先锋，又令史俨统三千骑士，到石门护驾。再命李存信、李存审、李思存去梨园寨攻打王行瑜，擒住敌将王令陶等，送到行营。
李茂贞得报大惧，召还李继鹏，把他斩首，传示石门，上表谢罪。又遣使向克用求和。昭宗下令李克用，赦免李茂贞。专讨王行瑜。李克用受命，遣子李存勋回报昭宗。李存勖仅十一岁，状貌魁梧，昭宗叹为奇儿，用手抚顶说道：“儿方为国栋梁，他日要尽忠我家。”李存勖拜谢而还。
昭宗即命克用为邠宁四面行营都招讨使，保大节度使李思存为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张鐇为西面招讨使，共讨王行瑜。李克用上表请昭宗辉京，并愿拨骑兵三千，驻守三桥，护卫京师。
昭宗这才启程回都，宰相孔纬，在途中感冒风寒，随即病死。崔昭纬罢为右仆射，再贬为梧州司马。徐彦若本来是要出镇凤翔，因不得到任，还为御史大夫，并进授同平章事；户部侍郎王搏，也得以入相；崔胤已免复起；京兆尹孙偓，也受命为户部侍郎，一同辅政。相臣四人，一个儿也不少。
昭宗专任李克