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第三部分，大学毕业。
大学生世界杯结束后，主角名气暴涨，紧随而来的就是世界杯正赛，但主角因为准备毕业论文，加上没有六名少女，觉得实力还不够，就没有报名这届。
逐渐成为沙奈朵狂热死忠粉的拉帝亚斯再次出现，打算强行带走沙奈朵，与主角队伍一番激战，拉帝亚斯落败。
拉帝亚斯不甘心，警告主角，如果现在不放手，会连累害死沙奈朵。
主角警觉追问，但拉帝亚斯拒绝表态。
世界杯正式开幕，最后决赛是渡和神秘兜帽人对决。
渡上了王牌快龙，而兜帽人表示渡的对手是自己，说完后褪去伪装道具，这个神秘训练家赫然是冥王龙少女。
快龙落败，冥王龙当着全世界的直播宣告，她代表精灵世界，向人类宣战，要夺回这个原本属于精灵少女的世界。
与此同时，众多传说中的神兽纷纷出现，世界开始混乱。
各国开始仓促应对，战争一触即发。
主角再次找到拉帝亚斯，得知神兽们在对如何对待人类的问题上一直都有分歧。
百年前，温和派神兽们曾和人类达成某个协议，由站在人类方的神兽前往几个代表国家，但最近几十年，强硬派神兽逐渐占据上风，最终导致这次变故。
一旦战争，将会是两败俱伤。
方天泽带主角见了凤王，进一步了解到神兽内部的很多秘闻。
想要阻止神兽的暴动，只有阿尔宙斯，然而阿尔宙斯沉睡在异空间内，只靠人类或者普通精灵少女，是无法前往的。
在凤王的帮助下，主角以及很多希望阻止战争的人，开始在全世界各地寻找古代精灵遗迹，希望找到阿尔宙斯的线索。
一系列剧情后，主角和沙奈朵等伙伴们，陆续获得温和派几大神兽的认可，破天荒给予了沙奈朵等少女神兽之力。
在众人和精灵合力帮助下，主角终于得到了见阿尔宙斯的机会。
阿尔宙斯告诉主角，这次毁灭人类是神兽们投票做出的共同决定，主角追问她票数，得知强硬派神兽仅仅赢了一票而已。
主角表示我们现在也有神兽之力，应该也有投票权了。
阿尔宙斯不屑地否认。
双方开战。
被赐予的神兽之力，在阿尔宙斯的创世之力面前果然是不堪一击。