伊莱死后，他的尸体被用于修复BIGBOSS的身体。BIGBOSS之前处于植物人状态，被修复身体后，因为体内被注射过纳米机器人，爱国者系统AI一直压制他的身体，让他一直处于昏迷状态。
BIGBOSS曾经也是爱国者这个组织的成员，他还有一个老朋友名叫zero同样也是，爱国者系统AI就是他创建制作。
两人分道扬镳之后，BIGBOSS建立自己的私人军企，以此对抗爱国者系统。
说到底全世界变成现在这样子，都是被这两个人搅浑。
至于两人为什么会变成这样，全是因为两人领悟错了THEBOSS这个女人的思想。
硬是把爱国主义精神，反对战争与对人类的奉献的精神全部搞歪，让世界变成一个充斥着战争经济的世界。
就算再怎么洗白，也无法否认这两个人的脑子倒是怎么长的。
（说一下乔治，也就是索利达斯·斯内克，他是合金装备二代的最终BOSS，第43任大总统（美国），也是主角大卫的克隆兄弟。只不过这里成了魂穿穿越者。所以作为BOSS乔治并没有领盒饭，成功洗白一起与主角大卫养老，还有一个养子和貌美的儿媳，顺带可爱的孙子。BIGBOSS因为爱国者系统一直处于昏迷状态，爱国者系统被摧毁后，这位正主就会醒来。）