献忠的儿子孙可望、李定国这二支部队还有点战斗力，可是朝廷内部还有人不把这些农民军当成真正的明军看待，这就让孙可望想另立的念头，这个念头一旦形成，就挥之不去了，可惜目前占领的地方太少、太穷了，所以就学曹操，利用永历帝以挟天子以令诸侯的想法，孙可望打着永历帝的旗号，对各地的义军发号施令，根本不经过朱由榔的同意。他的做法，自然逐渐遭到了南明政权内部的反感。
在这种情况下，永历帝也不甘心任人摆布，他开始找自己信赖的大臣商量，于是，召见大学士吴贞毓等十八名大臣商量。这样对付孙可望的野心。
吴贞毓对孙可望的所作所为也是洞若观火，他手中没兵没权，但他提出了一个建议：孙可望现在手中有兵，我们也只能找手中有兵的人来对付他，不如找李定国吧。
这也是病急乱投医，李定国和孙可望同为张献忠的义子，从小一起长大，曾经并肩战斗过很多年。其实吴贞毓早就察觉孙可望跟李定国之间的矛盾，大西军入云南后，与明军的融合并不顺畅，由本来的民间义军改换身份逐渐变成明军，大西军的内部反而产生诸多矛盾。尤其老大孙可望与老二李定国之间愈演愈烈。
按孙可望的设想，自己掌握住朝廷，让李定国，刘文秀、艾能奇三兄弟都拥戴他，听他指挥打仗来巩固地盘。
其实，孙可望内心不情愿扶持明朝这个小朝廷的，不太愿意披上官军的头衔，自己有兵有将，要跟张献忠一样建立自己的政权。而李定国的想法是联明抗清，因为李定国看得比大哥孙可望更长远，目前的态势清军的实力太强大，单靠大西军这点实力很难抗衡，不依靠南明朝廷难有作为，这样就造成了内部争论，发展到后然的对立，分成了两派。
真正形成对立的是永历帝召见大学士吴贞毓等十八名大臣后开始爆发，于是，南明版的“衣带诏事件”发生了。。
孙可望得知消息，大怒。他先是将吴贞毓带来问话，威胁拷打吴贞毓说出同党。吴贞毓坚持不肯说，但马吉祥仍然将永历帝面见的十八位大臣的名单交给了孙可望。孙可望一一将人逮捕问询，但是所有十八位大臣，无论如何拷打，再也没有牵扯到其他人员。而且，他们为了保护永历帝，怕孙可望反了，坚称皇帝对此并不知情。最后，盛怒之下，命人将十八大臣残酷杀了。
从这里就可以看出，孙可望在南明朝廷的地位有点跟三国时期的董卓类似。在这其间李定国念着孙可望是大哥的身份，多有劝解，“肇庆已有君，