后为了提高效率，水门决定兵分两路，自己一人前往前线支援伙伴，身为上忍的旗木卡卡西带领琳和宇智波带土组成一队打入敌人后方。在前线，水门用飞雷神压制敌军岩忍。
与此同时，跟在后面的琳不幸被岩隐忍者抓走，宇智波带土想要跟旗木卡卡西一起前去拯救琳，但旗木卡卡西因受父亲的影响，所以旗木卡卡西要先执行任务，后解救琳。
宇智波带土非常气愤，之后宇智波带土决定自己前去解救琳，临走前他告诉旗木卡卡西，违反忍者规定的人被称为废物，但不懂得重视同伴的人，连废物都不如！木叶白牙才是真正的英雄！
旗木卡卡西听到后内心有所动摇，随后旗木卡卡西决定先救同伴。此时的宇智波带土已来到敌军的老巢与敌人决斗，但完全不敌，旗木卡卡西及时赶到，为救宇智波带土而伤到左眼。
之后宇智波带土与旗木卡卡西闯入敌人的老巢，与岩忍展开激烈的战斗，卑鄙的岩忍使用土遁让山洞倒塌，宇智波带土旗木卡卡西带着琳奔向洞穴的出口。
在他们成功救回琳返回的过程中，旗木卡卡西被倒塌的碎石击倒在地，宇智波带土立刻转身返回营救旗木卡卡西，自己却被压在巨石下，右半身被压碎。
临终前宇智波带土让琳用医疗术将自己的写轮眼移植到旗木卡卡西受伤的左眼处，以此作为送给旗木卡卡西晋升上忍的礼物。
之后旗木卡卡西手持木叶白牙的铁质短刀与刚才的岩忍对战，但短刀在与敌人的苦无撞击时，被打断，紧接着，旗木卡卡西使用千鸟杀死了岩忍，并告诉琳宇智波带土喜欢琳。
此时，多名岩忍赶到旗木卡卡西与琳的身后，使用裂土转掌打算将他们压入岩石中，宇智波带土让旗木卡卡西带着琳快跑。
但此时他们已经被岩忍包围，面对岩忍，旗木卡卡西在没有查克拉的情况下使出千鸟，紧接着，多名岩忍同时跳向旗木卡卡西。
紧要关头，水门从在前线返回，使用飞雷神歼灭了敌军。旗木卡卡西因使用查克拉过度而处于昏迷状态。随后水门从琳的口中得知了宇智波带土的死讯。
之后，水门带领旗木卡卡西一起摧毁了神无毗桥，由此奠定了木叶在第三次忍界大战的胜利。
神无毗桥之战使木叶产生了两位拥有写轮眼的英雄，其中宇智波带土的名字被刻在了慰灵碑上，另一个就是在忍界赫赫有名的“写轮眼旗木卡卡西”。
此后，旗木卡卡西常常前去慰灵碑前看
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