本次军机会议最终达成了三项决议，一是确立了对后金以守为主的战略，放弃了短期内收复辽东这项不切实际的计划。
今后的宁远防线，堡垒最多只修到锦州一线，不再向东扩张，孙承宗欲以堡垒战术收复辽东的算盘，可谓是半途而废了。
在座君臣已经预料到，当辽饷从每年五百万两削减至四百万两，辽西将门集团必定煽动兵乱，即将督辽的兵部尚书王在晋，已经感觉到万钧重压在肩上。
二是把新军和军校提高到关系大明生死存亡的地步，在座官员们都自动成为西山军校的教员，现在就开始展开军校的筹备工作。
西山军校的组织架构是朱由检抄袭自黄埔军校的，朱由检将亲自担任西山军校校长，副校长为孙承宗，司业【教导主任】为袁崇焕，教授为鹿善继、茅元仪等。
为了筹备新军和军校，朱由检将从内帑中掏出一百万两交由孙承宗，其中四十万两将用于西山军校，六十万两则用来组建新军。
而这，仅仅只是新军和军校未来一年的粮饷而已，想要新军形成战斗力，西山军校成为黄埔军校，朱由检还要花费更大的代价。
三是对军机处群臣的工作安排，首先是军机大臣孙承宗，负责辅佐皇帝军机大事，主持军机处全面工作，并主要负责新军和西山军校的筹建。
军机中丞、兵部尚书王在晋的头衔上又多了个蓟辽总督的职务，会议结束之后，王在晋将带着朱由检赐予的尚方宝剑前往辽东上任，总督辽东、蓟州二镇。
袁崇焕、鹿善继、茅元仪不仅要辅佐孙承宗筹建新军和军校，还要负责组建军机处参谋司，培养参谋人才，这也是为日后朱由检组建总参谋部打基础。
范景文、李邦华两位东林党骨干则被分配到四卫营，督四卫营。
所谓四卫营，便是皇帝二十六卫亲军中的精锐，分别为腾骧左卫，腾骧右卫，武骧左卫，武骧右卫。
在二十六卫中，其他卫营都是守卫皇城，俱为步兵；而四卫则是随驾护卫，属于皇帝的亲卫部队，基本皇帝走到哪里，四卫则跟到哪里，且四卫还是最精良的骑兵，这也是四卫归属御马监掌管的原因。
按照卫所编制，一卫兵马应有5600人，但如今卫所制度已经彻底败坏，一个卫所能有一千兵马都算不错了。
而四卫营多年没有征战，战力早已荒废，全部兵马加起来也不过五千而已，御马监的军马，也仅有三千之数，五千兵卒中，能