虽然有朱由检的乱入，但朱由检还是笃定历史上的宁远兵变仍然不可避免。
据史料记载，二十五日，宁远发生兵变，哗变首先是由从四川、湖广调来的部队发起的，以杨正朝、张思顺等为首。
他们先秘密串联，再集中到广武营，会盟歃血，率先兵变。接着，事态不断扩大，影响迅速蔓延，其余十三营起而响应。哗变的官兵涌入巡抚衙门，将辽东巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳等人，从衙门拉出来，加以捆绑，囚于谯楼。
而历史上的宁远兵变又是怎么平息的呢？没错，是袁崇焕一人平息的，其过程简直可以拍成一部个人英雄主义电影。
第一步，袁崇焕单骑出关。袁崇焕八月初六日到达山海关，次日就马不停蹄单骑出关，不带随从，驰往宁远。这充分表现出袁督师的果断、干练、勇敢与侠气。
第二步，迅驰入营。袁崇焕到宁远后，没有到巡抚衙门，没有会见同僚，没有会见朋友，也没有了解兵变情况，而是“至宁远未入署，即驰入营”。就是驱骑急进，直入兵营，要取得迅雷不及掩耳的效果。
第三步，攻心为上。“宣上德意，各兵始还营伍”。袁崇焕迅速赶到兵营后，利用原来的威望与情感，安抚士兵，宣抚慰劳，使得骚动官兵各回营伍。
第四步，密定计划。“崇焕与道臣郭广秘图”，就是袁崇焕与掌握实际情况的郭广等秘密商量，制定计谋，采取措施。
第五步，宽宥事首。袁崇焕“召首恶杨正朝、张思顺至膝前，谕以同党能缚戎首即宥前罪之旨，令报诸逆者名，擒之赎死。二凶唯唯。”宽宥事首张正朝、张思顺，先瓦解哗变官兵上层内部。
第六步，剪除“次恶”。将“次恶”田汝栋等十五人捉获，“崇焕令郭广当堂认识，俱当日向前首恶，即令枭示”，将他们戮于市，进行震慑。
第七步，擒叛立功。杨正朝、张思顺两位哗变的首领，因为“擒叛有功”，经奏报朝廷，将他们“发前锋立功”。
第八步，分别处理。中军吴国琦斩首；参将彭簪古受斥责；都司左良玉等四人被黜免；通判张世荣、推官苏涵淳因贪虐引起哗变，受到降职斥责；总兵官朱梅解职。
第九步，奖励祖营。都司祖大乐所率一营官兵，没有参加哗变，受到奖励。
第十步，奏报朝廷。袁崇焕向朝廷详奏宁远兵变经过、原因、处理及善后事宜，并得到崇祯皇帝的批准。