旧纪元1933年，一名勇于冒险的企业家及电影制作者，率领摄制队伍寻找海外荒岛拍摄电影，船只却意外搁浅在骷髅岛
同年，一只代号为金刚的巨兽首次出现在世人面前。旧纪元1967年，一支集结了科考队员、探险家、战地摄影记者、军人的探险队，再次冒险前往南太平洋上的神秘岛屿—骷髅岛。
毫无意外，他们的到来惊扰了岛上之神，体型更为巨大的巨兽，金刚！旧纪元2014年，怪兽之王哥斯**陆沿海城市，与宿敌穆托进行大战旧纪元2019年，南极冰层之下，宇宙三头龙怪兽基多拉苏醒，并且唤醒了地球所有的泰坦巨兽。
怪兽之王哥斯拉再度出现，在魔斯拉的帮助下成功进化，终于打败宇宙怪兽基多拉旧纪元2022年，骷髅岛之神，成熟体金刚离开骷髅岛，并与哥斯拉进行大战，争夺怪兽王位。
野心家用基多拉最后一颗龙头制造出机械基多拉，参与两者大战。
此战过后，地球所有泰坦巨兽陷入沉睡。旧纪元2113年，环太平洋地区海底深处出现了一个平行宇宙“突破点”，一个巨大无比的巨兽生物从海洋中崛起。
怪兽的袭击接二连三而出现在各个环太平洋城市，人类在无计可施之下发明了他们自己创造的“怪兽”—机甲！旧纪元2120年，在人类的努力下，传送怪兽的空间之门终于关闭，机甲面临退役旧纪元2202年，早已销声匿迹的“怪兽”再一次出现在人类世界，海岛上一座以侏罗纪为主题的公园火爆世界，却因为管理不当，引发了一系列的灾难旧纪元2210年，地心辐射暴涨无数倍，消失两百年的泰坦巨兽再次苏醒，随之异星先驱卷土重来，外星生物兵器入侵地球，地球已有的生物也发生了异变
这一次，人类面临史无前例的灾难。
绝境之下，一种名为“星力”的力量被人类探索而出。
新世纪的第一年，由此开始！新世纪120年，联邦第998座城市，西城。
育兽高校。
模拟战场中，一只体型高达六米的巨型蜘蛛发出嘶嘶”的声音，长满红毛的狰狞巨腿缓缓渡步，类似于猴脸的面孔上，两只嗜血双眼闪烁着瘆人的光芒。
“d班秦守，请开始测验。”
模拟战场外，中年老师喊道。
“到！”
人群中，一名头发微卷，相貌清秀的少年高举右手，随即小跑着来到老师面前。